Hoàng Phi Hồng mở hiệu thuốc Bảo Chi Lâm ở đường Nhân An, chuyên bán thảo dược trị thương. Mặc dù là võ sư dân gian nhưng cuộc đời Hoàng Phi Hồng vẫn gắn liền với lịch sử Trung Quốc. Năm 1886, danh tướng Lưu Vĩnh Phúc được triều đình điều động về Phúc Kiến làm tổng binh, liền mời Hoàng Phi Hồng làm trưởng ban huấn luyện quân dưới trướng ông ta.

Năm 1895, khi Chiến tranh Trung-Nhật nổ ra, Hoàng Phi Hồng theo Lưu Vĩnh Phúc đến Đài Loan. Sau đó, quân nhà Thanh đại bại, triều đình cắt Đài Loan cho Nhật, quân dân trên đảo nổi dậy khởi nghĩa và phong Hoàng Phi Hồng lên làm "Điện Tiền Tướng Quân".

Hoàng Phi Hồng từng đến Hồng Kông để gặp lại môn đồ Lục Chính Cương và được Lục mời đến võ đường của ông ta tham quan. Thời gian ở đây, do bất bình trước cảnh một người cô thế bị uy hiếp, Hoàng Phi Hồng ra tay can ngăn và bị một đám đông có vũ khí bao vây. Một mình đánh bại cả chục người, Hoàng Phi Hồng trở thành vị anh hùng của những người bị áp bức. Bị triều đình truy nã, Hoàng Phi Hồng phải chạy trốn. Về sau Lục Chính Cương tìm đến nơi trú ẩn của Hoàng Phi Hồng, kể lại chuyện người phương Tây dẫn chó béc-giê đến khiêu chiến, tấn công nhiều nhà sư. Hoàng Phi Hồng nghe xong nổi giận, lập tức đến Hương Giang bẻ gãy xương sống con chó hung dữ ấy. Ngày hôm sau báo chí Hồng Kông chạy tên bài đỏ về tin này và gọi đó là "chí khí người Trung Quốc".

Trở về Quảng Đông, Hoàng Phi Hồng mở thêm một nhà thuốc nữa ở Phật Sơn, trở thành một trong 4 vị đệ nhất danh y Quảng Đông bấy giờ. Thời gian này ông gặp người vợ thứ 4. Đây cũng là lúc ông sống sung túc nhất. Về chuyện tình cảm, ta thường thấy bên cạnh Hoàng Phi Hồng (trong các phim) là dì Mười Ba.

Năm 1911, Cách mạng Tân Hợi bùng nổ, Lưu Vĩnh Phúc mời Hoàng Phi Hồng làm "giáo luyện dân đoàn tỉnh Quảng Đông".